办公室(党群办)

人力资源管理办公室(离退休办公室)

后勤保障服务中心

大气环境研究所(移动源污染防控研究中心)

环境经济与政策研究所(碳减排与气候变化研究中心)

水环境研究所(长江生态环境研究中心)

环境技术实验中心（有机食品研究中心）

环境工程设计所(农业农村污染防治研究中心)

环境信息与情报研究所(《环境科学与技术》编辑部)

科技管理办公室(质量管理办公室)

生态环境研究所(保护区与生物多样性研究中心)

财务室

环境法规与标准研究所(生态环境损坏司法鉴定中心)

固体废弃物与化学品研究所(环境健康研究中心)

环境影响与许可研究所(环境技术评估中心)

区域环境影响研究所(环境战略评估中心)

土壤环境研究所(地下水污染控制研究中心)

环境规划研究所(清洁生产与绿色发展研究中心)